Tras el terremoto de Lisboa se emprendió la gran reforma barroca que dio a Santa María de las Nieves su aspecto actual: se alargó la nave central, se abrió la nave lateral de la Epístola separada por arcadas y se construyeron la torre campanario, las portadas y el exterior del camarín sobre la llamada Torre Mocha, con la inspección del arquitecto Tomás Zambrano. El templo se restauró por completo en 1903 y de nuevo entre 2009 y 2010.