Debajo hay una cripta levantada sobre cuatro columnas que sostienen nueve bóvedas, y allí están los restos de nueve de los condes de Gelves, entre ellos doña Leonor de Milán. En el crucero y en el centro de la cúpula aparece un emblema con las armas de Colón y la leyenda de que a Castilla y León nuevo mundo dio Colón, porque la ermita anterior era propiedad de los duques de Veragua, descendientes directos del almirante.