Los primeros documentos de San Ildefonso son las reglas de la hermandad de la Transfixión y Soledad de María, de 1565, y los libros de enterramientos empiezan en 1580. Hacia 1620 la iglesia se había hecho de nuevo, y las tres naves aparecen entre 1640 y 1674. La visita del arzobispo de 1683 describe el retablo mayor con la Virgen de las Mercedes, un Niño Jesús y San Ildefonso, y otro altar con el Cristo de la Vera Cruz y la Soledad. Hubo obras en 1725 (osario y escalera del campanario) y 1781 (columnas). Cerró en mayo de 1997 y reabrió el 20 de marzo de 1999.