El 4 de diciembre de 1547 los restos de Cortés se depositaron en la cripta que el duque de Medina Sidonia, uno de sus albaceas, tenía en la iglesia del monasterio de San Isidoro del Campo. Los monjes de aquel monasterio lo habían atendido en sus últimos días. Al morir el duque, sus restos ocuparon la cripta y los de Cortés se enterraron de nuevo junto al altar de Santa Catalina del mismo templo. En 1566 su familia los mandó a Nueva España, a San Francisco de Texcoco, porque el convento de Coyoacán donde Cortés quería reposar nunca se construyó. Fue el primero de sus nueve entierros; hoy descansa en la iglesia de Jesús Nazareno de Ciudad de México.