Lo levantaron como panteón familiar, siendo rey Fernando IV, sobre una ermita mozárabe donde según la tradición estuvo enterrado San Isidoro de Sevilla hasta que sus restos se llevaron a León en 1063. Su hijo Juan Alonso añadió otra nave pegada a la primera, y de ahí las iglesias gemelas. Fue el monasterio cisterciense más meridional de Europa.